Tradycja muzyczna całego Kościoła stanowi skarbiec nieocenionej wartości, wybijający się ponad inne sztuki, przede wszystkim przez to, że śpiew kościelny związany ze słowami jest nieodzowną oraz integralną częścią uroczystej liturgii (Konstytucja o Świętej Liturgii Sacrosantcum Concilium – nr 112). Ten sam dokument wskazuje na konieczność zakładania wyższych instytutów muzyki kościelnej, gdzie muzycy otrzymywaliby rzetelne wykształcenie. Ponadto instrukcja Musicam Sacram precyzuje, że odpowiednio wykształcony muzyk kościelny, oprócz odpowiedniego przygotowania muzycznego, winien posiadać wiedzę z zakresu liturgii i duchowości. W Instrukcji Episkopatu Polski o muzyce kościelnej z 2017 roku czytamy: warunkiem koniecznym do zatrudnienia na stanowisku organisty jest posiadanie kwalifikacji muzyka kościelnego, a nie tylko ogólne wykształcenie muzyczne (nr 12 b).
Dokumenty wydane po Soborze Watykańskim II odbiły się szerokim echem wśród środowiska muzyków kościelnych Archidiecezji Krakowskiej. Znani krakowscy organiści zaczęli kształcić zarówno młodzież, jak i starszych. Studium Kształcenia Organistów dla Sióstr Zakonnych oraz Studium Organistowskie dla Mężczyzn były pierwszymi nieformalnymi instytucjami, kształcącymi muzyków kościelnych z terenu Archidiecezji Krakowskiej po Soborze Watykańskim II. Szczególną rolę w kształceniu muzyków kościelnych w Krakowie odegrał ówczesny organista Bazyliki Mariackiej – Stefan Profic.
Przez wiele lat kształcenie organistów odbywało się, jak już wspomniano, nieformalnie. Sytuację tę zmieniło powołane dekretem Metropolity Krakowskiego ks. kard. Karola Wojtyły w 1973 roku Archidiecezjalne Studium Organistowskie, działające przy Instytucie Liturgicznym. Nauka w Studium została podzielona na dwa poziomy. Podstawowy trwał cztery lata, średni dwa. Zajęcia odbywały się w Domu Księży Emerytów, mieszczącym się w Krakowie, przy ul. św. Marka 10 oraz w salka przykościelnych w centrum Krakowa. Dla organistów posiadających już wykształcenie muzyczne ks. kard. Karol Wojtyła powołał w 1974 Sekcję Muzyki Kościelnej, działającą przy Papieskim Wydziale Teologicznym. Studia trwały 5 lat i pozwalały absolwentom Studium Organistowskiego poszerzać swoją wiedzę i umiejętności z zakresu muzyki kościelnej. Przez wiele lat działalności Archidiecezjalnego Studium Organistowskiego oraz Sekcji Muzyki Kościelnej grono wykładowców stanowili wybitni krakowscy muzycy. Wsród nich: ks. doc. dr hab. Wacław Świerzawski, mgr Marian Machura, doc. Maria Kochaj, doc. Leszek Werner, mgr Teresa Arend, mgr Maria Machura, mgr Jerzy Rieger, mgr Joanna Wittek, mgr Mieczysław Tuleja, Alojzy Poziorski, Władysław Radwan, mgr Jan Kokoszka, mgr Cecylia Mryka, mgr Gerard Mryka, mgr Barbara Kaszycka, mgr Bogusław Scheller, Barbara Streszewska, Ewa Śmigielska, Teresa Kędra, ks. lic. Stanisław Dadak, mgr Witold Zalewski, mgr Wiesław Delimat, mgr Krystyna Suzin, mgr Barbara Kaszycka, mgr Anna Kusiak, mgr Danuta Degórska-Czubek, mgr Marcin Wolak, mgr Marek Wolak, mgr Anna Dzioba, mgr inż. Janusz Karteczka, ks. dr. Jan Janicki, ks. dr Lucjan Bielas, ks. dr Stanisław Szczepaniec. Kierownikiem obydwu Studiów był doc. Marian Machura, zaś od roku 1991 w studium stopnia podstawowego i średniego jego funkcje przejął mgr Wiesław Delimat.
W 1998 za zgodą ks. kard. Franciszka Macharskiego Archidiecezjalne Studium Organistowskie przekształcone zostało w Archidiecezjalną Szkołę Organistowską. Pozwoliło to dostosować formę kształcenia do tej, która obowiązywała w państwowych szkołach muzycznych. Dzięki temu w 1999 roku ASO uzyskała uprawnienia publicznej szkoły muzycznej II stopnia, a co za tym idzie współfinansowanie ze środków budżetu państwa. Zapewniło to możliwość dalszego podnoszenia poziomu szkoły oraz stabilność finansową placówki.
W 2006 roku nastąpiła kolejna, istotna zmiana w kształceniu muzyków w Archidiecezji Krakowskiej. Decyzją ks. kard. Stanisława Dziwisza, Archidiecezjalna Szkoła Organistowska II stopnia została przekształcona w Archidiecezjalną Szkołę Muzyczną II stopnia. Szkoła zaczęła kształcić nie tylko organistów, ale również innych muzyków. Zmieniono również siedzibę. Z ciasnego i niezbyt funkcjonalnego budynku przy ul. Szujskiego 4, Szkoła przeprowadziła się do obszernej i nowoczesnej siedziby przy ul. Prostej 35A. Pozwoliło to na utworzenie Archidiecezjalnej Szkoły Muzycznej I stopnia, kształcącej dzieci i młodzież w wieku 6-16 lat.
W tym samy roku rektorzy Akademii Muzycznej w Krakowie – prof. dr hab. Stanisław Krawczyński oraz Papieskiej Akademii Teologicznej – ks. prof. dr hab. Jan Maciej Dyduch powołali komisję, mającą opracować program studiów wyższych z zakresu muzyki kościelnej. Przewodniczącym Komisji został ks. dr Robert Tyrała. Ponadto w skład Komisji weszli: ks. prof. Andrzej Zając, ad II st. Adam Korzeniowski, ad II st. Jan Jazownik, ad I st. Wiesław Delimat. 1 lutego 2008 roku został podpisany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dokument zatwierdzający kierunek Muzyka Kościelna, prowadzony wspólnie przez Akademię Muzyczną w Krakowie oraz Papieską Akademię Teologiczną. 19 listopada 2008 roku w Domu Arcybiskupów Krakowskich zostało podpisane porozumienie między rektorami oraz regulamin studiów. Tym samym powołano do istnienia Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej w Krakowie, którego pierwszym dyrektorem został ks. dr Robert Tyrała.
Rok szkolny 2018/2019 okazał się przełomowy w historii Archidiecezjalnej Szkoły Muzycznej II stopnia. Po wielu latach starań dyrektora Szkoły – prof. dra hab. Wiesława Delimata, ASM II stopnia stała się szkołą publiczną w całości finansowaną z budżetu państwa. Oznacza to, że nauka w szkole stała się bezpłatna, a uczniowie mogą rozwijać swoje umiejętności niezależnie od stopnia zamożności swoich rodzin.
W chwili obecnej Archidiecezja Krakowska zapewnia możliwość kształcenia muzyków na najwyższym poziomie. Wart podkreślenia jest fakt, że osoba chętna do podjęcia posługi organisty, może przejść cały proces kształcenia muzycznego w instytucjach związanych z Archidiecezją Krakowską. Rozpoczyna bowiem swoją przygodę z muzyką w Archidiecezjalnej Szkole Muzycznej I stopnia, kontynuuje ją w II stopniu tej Szkoły, by dalej doskonalić swoje umiejętności na studiach wyższych w Międzyuczelnianym Instytucie Muzyki Kościelnej. Stwarza to niepowtarzalną możliwość wykształcenia nie tylko świetnie przygotowanego muzyka, ale również osoby posiadającej gruntowną wiedzę z zakresu liturgiki i duchowości, uformowaną przez wiele lat nauki w środowisku związanym z Kościołem krakowskim. Warto zauważyć, że kształcenie to odbywa się obecnie w bardzo dobrych warunkach. Do dyspozycji uczniów i studentów w siedzibie Szkoły przy ul. Prostej 35A jest dziewięcioro organów – pięcioro mechanicznych, jedne pneumatyczne, troje elektronowych, oraz pozytyw organowy, siedem fortepianów i dziesięć pianin. Na korytarzach dostępne są ponadto pianina cyfrowe, na których uczniowie i studenci mogą ćwiczyć podczas przerw między zajęciami. Nie byłoby to możliwe bez wieloletniego zaangażowania osób, którym zależało na podnoszeniu poziomu muzyki kościelnej. To oni swoją codzienną i systematyczną pracą stworzyli instytucje przygotowane do działalności edukacyjnej na najwyższym poziomie.